Marie Message débute sa carrière en 2008 comme conseillère référendaire à la Cour des Comptes au sein de la Cinquième chambre, notamment en tant que responsable du secteur « dispositifs de cohésion sociale ».
De septembre 2012 à juillet 2018, elle exerce les fonctions de Directrice générale déléguée du Centre national des œuvres universitaires et scolaires (Cnous), tête de réseau des 28 Centres régionaux des œuvres universitaires et scolaires (Crous), établissements publics administratifs en charge de la mise en œuvre de la politique publique de la vie étudiante.
Marie Message a pris les fonctions de Directrice des moyens et des ressources et membre du Comité exécutif de Radio France le 16 juillet 2018.
En janvier 2021, elle devient Directrice générale adjointe en charge des moyens et des organisations. Son périmètre intègre dès lors la mission d’accompagnement à la transformation de Radio France.
