Estelle Cognacq débute sa carrière en 1998 dans le groupe Lagardère en tant que reporter pour Europe 1 et europe1.fr, avant de devenir chef d’édition du site en 2005. Elle coordonne ensuite les projets transverses aux quatre sites d’information du groupe : europe1.fr, JDD.fr, ParisMatch.com et Le Lab.
En juillet 2012, elle rejoint franceinfo en tant que rédactrice en chef adjointe du site franceinfo.fr. En 2016, à l’aube du média global, Estelle Cognacq crée l’Agence franceinfo, organisation unique chargée de la vérification et de la certification de l’information, dont elle devient la rédactrice en chef. En 2017, elle devient directrice adjointe de la rédaction de franceinfo, chargée de la certification de l’information. Elle pilote l’Agence, la Cellule Vrai du faux et de l’équipe numérique côté radio.
En 2020, Estelle Cognacq est nommée directrice de la rédaction de franceinfo.